一、報(bào)告內(nèi)容
中國(guó)是獼猴桃的起源地和分布中心，也是獼猴桃栽培面積和產(chǎn)量第一大國(guó)。高質(zhì)量參考基因組的繪制對(duì)獼猴桃重要農(nóng)藝性狀的功能基因組學(xué)研究和全基因組分子設(shè)計(jì)育種具有重要理論意義和應(yīng)用價(jià)值。使用HiFi、ONT和Hi-C測(cè)序數(shù)據(jù)，并結(jié)合自主開(kāi)發(fā)的組裝腳本，我們對(duì)獼猴桃基因組首次測(cè)序的材料——中華獼猴桃（Actinidia chinensis）進(jìn)行了端粒至端粒（telomere-to-telomere，T2T）的從頭組裝，繪制了完全連續(xù)、沒(méi)有缺口的單倍型高質(zhì)量參考基因組Hongyang v4.0。T2T是一種最新的基因組繪制標(biāo)準(zhǔn)，要求每條染色體從一端端粒至另一端端粒中的所有復(fù)雜結(jié)構(gòu)、高度重復(fù)序列等都能被完整組裝，內(nèi)部沒(méi)有或僅有少數(shù)缺口。T2T基因組的組裝不僅對(duì)端粒、著絲粒等高度重復(fù)序列的研究具有重要意義，而且能夠獲得基因組的完整遺傳信息。通過(guò)梳理前期使用的腳步，我們開(kāi)發(fā)了一款名為quarTeT的T2T基因組組裝與端粒/著絲粒鑒定工具包，包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四個(gè)子工具。其中，CentroMiner可以用于鑒定大多數(shù)具有重復(fù)序列結(jié)構(gòu)特征的典型著絲粒。
二、主講人
岳俊陽(yáng)，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院。從事獼猴桃基因組學(xué)研究，圍繞基因組結(jié)構(gòu)變異在獼猴桃進(jìn)化和物種分化中的作用機(jī)制開(kāi)展工作，近年來(lái)整合基因組學(xué)揭示了獼猴桃性染色體的演化歷程與進(jìn)化動(dòng)力，同時(shí)系統(tǒng)鑒定了基因組上的性別拮抗和有害突變位點(diǎn)，為獼猴桃雜交育種提供了新的理論指導(dǎo)。
三、時(shí)間
2024年9月27日上午9：30-11：00
四、直播鏈接
https://sahhb.xetlk.com/sl/3IyN5E
